Discovery of Regulatory Elements by a Computational Method for Phylogenetic Footprinting

2002· letter· en· 330 citations· W2041726559 sur OpenAlex· 10.1101/gr.6902

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Prédiction du classificateur

metacan-v1-d91a1de5be90

Les prédictions imitent deux enseignants automatiques. Les scores ne sont pas des probabilités de prévalence calibrées.

Candidat du classificateur: Expérimental (laboratoire)Sans objet
Consensus du classificateur: Sans objet

Scores d’imitation des enseignants

Codex

Sans objet0,778

Expérimental (laboratoire)0,115

Autre devis0,101

Métarecherche0,007

Simulation ou modélisation0,002

Science ouverte0,001

Intégrité de la recherche0,001

Théorique ou conceptuel0,000

Communication savante0,000

Observationnel0,000

Étude de cas0,000

Études des sciences et des technologies0,000

Revue systématique0,000

Essai randomisé0,000

Bibliométrie0,000

Méta-analyse0,000

Qualitatif0,000

Méta-épidémiologie (sens strict)0,000

Méta-épidémiologie (sens large)0,000

Essai non randomisé0,000

Gemma

Sans objet0,979

Expérimental (laboratoire)0,016

Simulation ou modélisation0,005

Théorique ou conceptuel0,002

Observationnel0,002

Métarecherche0,001

Science ouverte0,001

Intégrité de la recherche0,001

Études des sciences et des technologies0,000

Essai non randomisé0,000

Étude de cas0,000

Revue systématique0,000

Méta-épidémiologie (sens large)0,000

Essai randomisé0,000

Méta-épidémiologie (sens strict)0,000

Bibliométrie0,000

Communication savante0,000

Méta-analyse0,000

Qualitatif0,000

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,055

Tête enseignante GPT0,351

Écart entre enseignants: 0,296 la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Phylogenetic footprinting is a method for the discovery of regulatory elements in a set of orthologous regulatory regions from multiple species. It does so by identifying the best conserved motifs in those orthologous regions. We describe a computer algorithm designed specifically for this purpose, making use of the phylogenetic relationships among the sequences under study to make more accurate predictions. The program is guaranteed to report all sets of motifs with the lowest parsimony scores, calculated with respect to the phylogenetic tree relating the input species. We report the results of this algorithm on several data sets of interest. A large number of known functional binding sites are identified by our method, but we also find several highly conserved motifs for which no function is yet known.

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