The ATPase Activity of BfpD Is Greatly Enhanced by Zinc and Allosteric Interactions with Other Bfp Proteins
Dossier post-publication
Source : Retraction Watch, jointe par DOI. OpenAlex consigne la rétractation dans is_retracted, un booléen sur un espace d'états à au moins quatre valeurs ; il ne peut donc exprimer ni une expression de préoccupation, ni une correction, ni un rétablissement, et les rapporte comme false, ce qui se lit comme « rien à signaler ».
Notice bibliographique
Résumé
Type IV pilus biogenesis, protein secretion, DNA transfer, and filamentous phage morphogenesis systems are thought to possess similar architectures and mechanisms. These multiprotein complexes include members of the PulE superfamily of putative NTPases that have extensive sequence similarity and probably similar functions as the energizers of macromolecular transport. We purified the PulE homologue BfpD of the enteropathogenic Escherichia coli bundle-forming pilus (BFP) biogenesis machine and characterized its ATPase activity, providing new insights into its mode of action. Numerous techniques revealed that BfpD forms hexamers in the presence of nucleotide. Hexameric BfpD displayed weak ATPase activity. We previously demonstrated that the N termini of membrane proteins BfpC and BfpE recruit BfpD to the cytoplasmic membrane. Here, we identified two BfpD-binding sites, BfpE(39-76) and BfpE(77-114), in the N terminus of BfpE using a yeast two-hybrid system. Isothermal titration calorimetry and protease sensitivity assays showed that hexameric BfpD-ATPgammaS binds to BfpE(77-114), whereas hexameric BfpD-ADP binds to BfpE(39-76). Interestingly, the N terminus of BfpC and BfpE(77-114) together increased the ATPase activity of hexameric BfpD over 1200-fold to a V(max) of 75.3 mumol of P(i) min(-1) mg(-1), which exceeds by over 1200-fold the activity of other PulE family members. This augmented activity occurred only in the presence of Zn(2+). We conclude that allosteric interactions between BfpD and BfpC and BfpE dramatically stimulate its ATPase activity. The differential nucleotide-dependent binding of hexameric BfpD to BfpE(39-76) and BfpE(77-114) suggests a model for the mechanism by which BfpD transduces mechanical energy to the biogenesis machine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».