An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Résumé
How viruses evolve within hosts can dictate infection outcomes; however, reconstructing this process is challenging. We evaluate our multiplexed amplicon approach, PrimalSeq, to demonstrate how virus concentration, sequencing coverage, primer mismatches, and replicates influence the accuracy of measuring intrahost virus diversity. We develop an experimental protocol and computational tool, iVar, for using PrimalSeq to measure virus diversity using Illumina and compare the results to Oxford Nanopore sequencing. We demonstrate the utility of PrimalSeq by measuring Zika and West Nile virus diversity from varied sample types and show that the accumulation of genetic diversity is influenced by experimental and biological systems.
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La notice
- Revue
- Genome biology
- Thématique
- Evolution and Genetic Dynamics
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Office of Research Infrastructure Programs, National Institutes of HealthUniversity of California, DavisNational Institutes of HealthNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilSurgical Reconstruction and Microbiology Research CentreCalifornia National Primate Research CenterHamilton Health Sciences FoundationNational Institute for Health and Care ResearchCenters for Disease Control and PreventionGeorgia Clinical and Translational Science AllianceNational Center for Advancing Translational SciencesFlorida Department of Health
- Mots-clés
- BiologyAmpliconGenetic diversityComputational biologyDeep sequencingVirusEvolutionary biologyGeneticsGenomeGenePolymerase chain reactionPopulation
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui