Construction of Brassica A and C genome-based ordered pan-transcriptomes for use in rapeseed genomic research
Notice bibliographique
Résumé
This data article reports the establishment of the first pan-transcriptome resources for the Brassica A and C genomes. These were developed using existing coding DNA sequence (CDS) gene models from the now-published Brassica oleracea TO1000 and Brassica napus Darmor-bzh genome sequence assemblies representing the chromosomes of these species, along with preliminary CDS models from an updated Brassica rapa Chiifu genome sequence assembly. The B. rapa genome sequence scaffolds required splitting and re-ordering to match the expected genome organisation based on a high density SNP linkage map, but the B. oleracea assembly was used unchanged. The resulting B. rapa (A genome) pseudomolecules contained 47,656 ordered CDS models and the B. oleracea (C genome) pseudomolecules contained 54,766 ordered CDS models. Interpolation of B. napus CDS models not already represented by orthologues resulted in 52,790 and 63,308 ordered CDS models in the A and C pan-transcriptomes, an increase of 13,676 overall. Comparison of the organisation of this resource with publicly available genome sequences for B. napus showed excellent consistency for the B. napus Darmor-bzh resource, but more breakdown of collinearity for the B. napus ZS11 resource. CDS datasets comprising the pan-transcriptomes are available with this article (B. rapa) or from public repositories (B. oleracea and B. napus).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».