Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Resolves Virus Sequences Amplified with Degenerate Primers
Notice bibliographique
Résumé
MS primers and were absent from the yeast control.Sequence analysis of these clones indicated that 15 contained MS.Inverse PCRs corresponding to 8 of these clones provided the sequence of the entire MS and flanking region.Among the MS repeats we identified, five were simple (GA) n or (CA) n tandem repeats, while three had a more complex repeat structure (Table 1).Using specific primers for each MS (Figure 1, p1 and p3), we mapped back all 8 MS to the original YAC (Table 1).This result confirms that all the isolated MS are derived from the YAC and not from yeast genomic DNA.Finally, we tested the MS repeats for polymorphism between the BALB/cByJ and CAST/EiJ mouse strains, and determined that all were polymorphic.Data relating to these polymorphisms have been submitted to the Mouse Genome Database ( www.informatics.jax.org ; D12Lip1-7, MGI Accession IDs 1342092-1342098).The identification of these new polymorphic MS repeats in a BALBxCAST cross segregating the fld mutation was instrumental in reducing the critical genomic region and in the subsequent positional cloning of the underlying gene (5).In summary, we developed a simple PCR-based procedure for the identification of novel MS from YACs and other large-insert clones [e.g., bacterial artificial chromosome (BAC) and P1 artficial chromosome (PAC)].Although we have demonstrated the use of the technique by isolating several polymorphic markers from a mouse YAC clone, the procedure could be easily adapted to human DNA by substituting the B1/B2-specific primers with primers derived from the human Alurepeat.A major advantage of the new method over existing ones is its species specificity, which eliminates the need to gelpurify YACs and enables analysis from total yeast DNA preparations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».