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Enregistrement W1119379707 · doi:10.1186/2046-2530-4-s1-p72

A systematic proximity map of the centriole-cilia interface

2015· article· en· W1119379707 sur OpenAlexaff
João Gonçalves, Bahareh A. Mojarad, Gagan D. Gupta, Étienne Coyaud, Brian Raught, Laurence Pelletier

Notice bibliographique

RevueCilia · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and Kidney Cyst Diseases
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCiliumAxonemeCentrioleCiliopathiesBasal bodyBiologyIntraflagellar transportFlagellumMotile ciliumCell biologyMicrotubuleBiogenesisOrganelleCiliogenesisAnatomyGeneticsPhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Eukaryotic cilia/flagella are dynamic microtubule (MT)-based organelles. The ciliary axoneme is built from a radial scaffold of 9 MT doublets, plus a central MT pair, in the case of motile cilia. The axoneme is templated by a basal body (BB)/centriole derived from the mother centriole, in the case of animal cells, which presents sub-distal and distal appendages critical for cilia formation. In vertebrates, different cilia types fulfil diverse functions, critical for embryonic development and homeostasis of adult tissues. Cilia malfunction causes ciliopathies, but despite their biomedical implications, their molecular composition and mechanisms underlying their biogenesis still remain poorly defined. In order to dissect the mechanisms involved in primary cilia assembly and disassembly we decided to focus on the mother centriole appendages and the TZ and define the interaction networks of their known components (~60 proteins) using a new mass spectrometry approach called BioID based on the proximity-dependent biotinylation of proteins by a promiscuous biotin ligase fused to the protein of interest. With this approach we have identified near neighbors and potential new interactors of ~60 known components of the centriole-cilia interface and the ciliary transition zone which have been tested for their involvement in centrosome and cilia biology using automated high-throughput/high-resolution screens and precise morphometric measurements. We identified several new regulators of ciliogenesis a subset of which we have characterized. The potential role of the most promising candidates in the potential onset of clinical features of ciliopathies will also be discussed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,148
Score d'incertitude au seuil0,272

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
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Résumé présentoui

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