A Canadian Isolate of Hepatitis D (delta) Virus
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis D (delta) virus (HDV) is an infectious agent that propagates in hepatocytes only in the presence of hepatitis B virus, causing fulminant or chronic hepatitis with liver cirrhosis. HDV is a 36 nm particle that includes a circular RNA genome of 1.7 kilobases with an extensive internal complementary that allows it to fold into a rod-like structure. The relationships among genotypes, sequence variability, geographical distribution and disease severity of HDV remain unknown. Consequently, in the present study, the complete nucleotide sequence of an HDV isolated from a Canadian patient was determined. The viral RNA from serum was amplified using reverse transcription coupled to polymerase chain reaction amplification. The resulting complementary DNA was cloned and sequenced. Sequence analysis revealed that this new isolate contained 1672 nucleotides corresponding to genotype 1, which has a worldwide distribution. Sequencing of four independent clones revealed 17 substitutions, corresponding to an overall sequence variability of 1%. Surprisingly, seven mutations were found in the 48-nucleotide region located between the two highly conserved self-catalytic motifs. This is the first demonstration that many substitutions are identified in this region of HDV, and prompts the present authors to define it as a hypervariable region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».