Evolution and characterization of the fatty acid-binding proteins (fabps) in Atlantic salmon (Salmo salar)
Notice bibliographique
Résumé
It is suggested that gene or genome duplication is the driving force in evolution that leads to speciation. Two models, the classical model and the duplication- degeneration-complementation (DDC) model, have been proposed on the fates of gene duplicates resulting from either a gene or a genome duplication event. The classical model suggests that one of the gene duplicates might result in loss of function (non- functionalization) or gain of a new function (neo-functionalization) depending on whether the accumulated mutations over the years are deleterious or beneficial to the organism. In the DDC model, it is proposed that each of the gene duplicates might accumulate different deleterious mutations in the regulatory region of the gene, such that these genes partition the ancestral gene function (sub-functionalization). Combinations of the phylogenetic analysis of many gene families support that salmonids have undergone two additional whole genome duplications compared to the mammals, one occurred in the common ancestors of teleosts and another happened in the common ancestor of salmonids approximately 25-120 million years ago. In this thesis, the evolution of the fatty acid-binding protein (fabp) family in fish and salmonids was examined. I have characterized eighteen unique fabp genes in Atlantic salmon. These include the seven fabp sub-families described previously in fish. Phylogenetic analyses and conservation of synteny support the two whole genome duplication events in the common ancestors of teleosts and salmonids and indicate when gene losses occurred. Genetic mapping of fabp gene duplicates to homeologous chromosomes in Atlantic salmon also support that they arose by the 4R genome duplication. I also searched for the signatures of neo-functionalization and sub-functionalization by calculating dN/dS ratios, examining the nature of amino acid substitutions and expression patterns, and suggested the fates of fabp gene duplicates in Atlantic salmon. Overall, the findings of this project provide insight into the evolutionary processes at play in salmonid genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».