The evolution of land plants inferred using domains D-F of the largest subunit of RNA polymerase II.
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this project has been to develop the use of the nucleotide and amino acid sequences of the largest subunit of RNA polymerase II (RPB1) to study the evolutionary relationships of diverse land plants. 1.3 kb of this gene, which includes 900bp of coding sequence corresponding to regions D-F of the protein, have been cloned and sequenced from genomic DNA of seven plant species, one from each of seven divisions. 900 bp of cDNA sequence of regions D-F of RPB1 from Zea mays revealed identity with the genomic sequence. Phylogenetic analysis of these nucleotide and corresponding amino acid sequences by parsimony, neighbor-joining and maximum likelihood methods revealed inconsistent results. The maximum-likelihood method presented the best resolved trees. It is unlikely that the inconsistencies are the result of compositional biases, multiple substitutions, or unequal substitution rates. Analysis of amino acid sequences of regions D-F and F-H of RPB1 in animals, plants and fungi showed that animals are more closely related to plants than to fungi, contrary to recent literature. In comparing regions D-F of the largest subunits of RNA polymerases I, II and III (RPA1, RPB1 and RPC1) of all eukaryotes, though, the evolutionary relationships of the major eukaryotic kingdoms were not resolved but RPA1 was found to be more closely related to RPB1 than to RPC1. Since analyses in the literature of longer RPB1 sequences from fewer taxa did clearly resolve relationships of major eukaryotic lineages, this study shows that region D-F of this gene is too short to be informative. Due to the conserved nature of this partial sequence, it appears that a longer sequence from this gene with more synapomorphic sites is required to better assess the evolutionary relationships of plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».