Differential Display Polymerase Chain Reaction and Gene Expression in Copper-Exposed <i>Daphnia magna</i>
Notice bibliographique
Résumé
Contamination of aquatic systems by metals and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) is a prevalent environmental problem. These contaminants are known to impact populations, organismal health, and survival negatively. Most of the organism and ecosystem level changes are a consequence of underlying molecular and subcellular damage. Therefore, molecular bioindicators are likely to be a sensitive tool for environmental assessment. We have demonstrated that both copper and phenanthrenequinone (PHEQ) alter protein expression in Daphnia magna. To investigate altered gene expression in Daphnia magna exposed to copper, PHEQ, and other contaminants, a technique based on the differential display polymerase chain reaction (ddPCR) is being developed for D. magna. This technique promises numerous applications as it permits a survey of the genes being expressed in any given organism. Furthermore, ddPCR allows one to monitor the changes in gene expression that result from any toxicant exposure. This paper reviews the applications of ddPCR and describes our development of ddPCR as a bioindicator of gene expression in D. magna in response to toxicant exposure. This is the first step in the development of a novel gene fingerprinting technique that can be applied to any compound and organism of interest.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».