Evaluating DNA extraction kits for PCR detection of Aleutian mink disease virus
Notice bibliographique
Résumé
The success of viral DNA amplification by PCR depends on the amount and quality of DNA, and is influenced by the extraction method, particularly when viral copy number is low or samples contain inhibitory substances. We compared four commercial nucleic acid extraction kits, Dynabeads viral extraction kit (DB) from Invitrogen, QIAamp DNA mini kit (QI) from Qiagen, MiniPrep kit (AX) from Axygen and the viral extraction kit (ZR) from Zymo Research for quality and yield of Aleutian mink disease virus (AMDV) DNA. The quality of extracted DNA was assessed by the success of PCR amplification and yield was measured by quantitative real-time PCR (qPCR). DNA from spleen and fecal samples of infected mink was extracted in triplicate and 45 PCR reactions were performed for each kit. Compared with DB, DNA extracted by QI, AX and ZR was amplified by PCR in 95.0 %, 53.3 % and 62.2 % of reactions, respectively, suggesting that DB and QI were comparable and outperformed AX and ZR. DB and QI kits were further compared by extracting DNA from identical samples in three trials. In trial 1, infected spleen, fecal matters, saliva swabs and plasma were used and viral recovery was measured by qPCR (64 reactions). In trial 2, spleen homogenate containing 10.5 × 104 AMDV copies per μL was diluted 14 times in the range of 1 × 10° to 1 × 10-4 and tested by PCR (435 reactions). In trial 3, DNA extracted from nine of the above dilution series was tested by qPCR (146 reactions). The mean viral copy number ranged between 31.2 and 10.5 × 104 per μl of sample. DB and QI kits performed equally for viral recovery in all trials. The findings indicated that the extraction method influenced PCR amplification success, and DB and QI were comparable when input and output volumes were similar.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,018 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».