Notice bibliographique
Résumé
In prokaryotes such as Escherichia coli, initiation of translation is known to be promoted by the base pairing of a purine rich sequence (called Shine-Dalgarno, SD) on the 5′ end of a mRNA, to the 3′ end (anti-SD) of 16S ribosomal RNA (rRNA). It has recently been shown that epsilon (ε), a sequence derived from the 5′-untranslated region of phage T7 gene 10, is also capable of enhancing (when combined with an SD sequence) translation in E. coli. Lack of sequence similarity between ε and SD sequence has indicated that ε affects translation by a mechanism different from the classical SD-anti-SD interaction. In this thesis, using chloramphenicol acetyltransferase mRNA mutational analysis we have proposed that ε affects translation by base pairing to nucleotides 458–466 (ε binding site, εBS) on 16S rRNA. Further evidence in favour of ε-εBS interaction was obtained using a CAT expression system in Agrobacterium tumefaciens in which the corresponding εBS is significantly different from that in E. coli. Base pairing between ε and εBS was also supported by a combination of computational and experimental approaches. These studies indicated a mRNA functional base pairing of 6 or more nucleotides, to various parts of a 136 nucleotide long box (box17) on 16S rRNA. Box17 extends from nucleotides 418 to 554 on 16S rRNA and coincides with the proposed εBS. Finally, using an in vivo mRNA-protein interaction detection assay, the presence of a direct interaction between ribosomal S1 protein and ε sequence was rejected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».