A Prognostic Test to Predict the Risk of Metastasis in Uveal Melanoma Based on a 15-Gene Expression Profile
Notice bibliographique
Résumé
Uveal (ocular) melanoma is an aggressive cancer that metastasizes in up to half of patients. Uveal melanoma spreads preferentially to the liver, and the metastatic disease is almost always fatal. There are no effective therapies for advanced metastatic disease, so the most promising strategy for improving survival is to detect metastasis at an earlier stage or to treat high-risk patients in an adjuvant setting. An accurate test for identifying high-risk patients would allow for such personalized management as well as for stratification of high-risk patients into clinical trials of adjuvant therapy.We developed a gene expression profile (GEP) that distinguishes between primary uveal melanomas that have a low metastatic risk (class 1 tumors) and those with a high metastatic risk (class 2 tumors). We migrated the GEP from a high-density microarray platform to a 15-gene, qPCR-based assay that is now performed in a College of American Pathologists (CAP)-accredited Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA)-certified laboratory on a routine clinical basis on very small samples obtained by fine needle aspiration and on archival formalin-fixed specimens. We collaborated with several centers to show that our specimen collection protocol was easily learned and performed and that it allowed samples to be safely and reliably transported from distant locations with a very low failure rate. Finally, we showed in a multicenter, prospective study that our GEP assay is highly accurate for predicting which patients will develop metastatic disease, and it was significantly superior to the previous gold standard, chromosome 3 testing for monosomy 3. This is the only prognostic test in uveal melanoma ever to undergo such extensive validation, and it is currently being used in a commercial format under the trade name DecisionDx-UM in over 100 centers in the USA and Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».