Association study of the platelet collagen receptor glycoprotein VI gene with rheumatoid arthritis.
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Beyond their role in haemostasis, platelets can actively contribute to immunity. The activation of the platelet collagen receptor glycoprotein VI (GPVI) promotes the release of small extracellular vesicles called microparticles. These microparticles are found in the joint bathing fluid of patients with rheumatoid arthritis (RA) and are thought to amplify inflammation. The gene coding for GPVI is localised on chromosome 19q13.4 and contains different single nucleotide polymorphisms (SNPs). Five non-synonymous SNPs define the major and minor haplotypes of GPVI. The minor haplotype is associated with higher risk of cardiovascular incidents. In this study, we examined whether this minor haplotype is also associated with RA. METHODS: Allelic discrimination of the SNPs reported to define these haplotypes encoding SKTQH and PEALN protein isoforms, ie rs1613662, rs1654416, rs2304167, rs1654413 and rs1671152, was performed in 399 RA patients and their two parents, all of Western European ethnicity. Statistical analysis relied on the transmission disequilibrium test by the use of the FBAT programme. Haplotypes were also estimated by the FBAT programme. RESULTS: We observed no statistically significant transmission disequilibrium for the SNPs tested. The major haplotype TAAC, which encodes the SKTQH isoform, was identified in 78% of our cohort individuals, and the CGGA haplotype which encodes the PEALN isoform was identified in 8% of our individuals. We observed no association of these haplotypes of the GPVI gene with RA. CONCLUSIONS: This demonstrates that the SNPs tested within the GPVI gene are not associated with RA susceptibility and/or severity, suggesting that platelet GPVI may contribute to arthritis independently of its gene polymorphism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».