Abstract 4664: Impact of TP53 mutations, single nucleotide variants and global methylation patterns on pre-menopausal breast cancer risk
Notice bibliographique
Résumé
Abstract INTRODUCTION: Li-Fraumeni Syndrome (LFS) is a cancer predisposition syndrome that confers a high lifetime risk of developing malignancies, including pre-menopausal breast cancer. Over 80% of LFS patients harbor germline mutations of the TP53 tumor suppressor gene. OBJECTIVE: We sought to determine if the spectrum of TP53 variants, as well as global methylation methylation patterns, correlates with the presence of TP53 mutations or influences cancer risk in pre-menopausal breast cancer patients. METHODS: Constitutional DNA was obtained from peripheral blood lymphocytes (PBL) of 10 patients with pre-menopausal breast cancer harboring germline TP53 mutations, 10 patients diagnosed with pre-menopausal breast cancer that are non-mutation carriers, 15 TP53 mutation carriers who do not have cancer, and 15 healthy female controls. Genome-wide methylation analysis of PBL-derived DNA was performed using the Illumina 450K array. Sanger sequencing of exons 2-11, and flanking intron regions of the TP53 gene was performed. RESULTS: The most commonly observed single nucleotide polymorphism (SNP) in TP53 across all samples was at c.215C>G (p.Pro72Arg) in exon 4 (rs1042522). We observed a G allele frequency of 66.0% in our study group. Three additional low-frequency variants in TP53 were observed: the exon 4: c.108G>A (p.Pro36Pro) variant was found in 2 patients, exon 6: c.639A>G (p.Arg213Arg) was found in 9 patients and intron 9: c.993+12T>C was found in 4 patients. Methylation patterns were not associated with a specific TP53 mutation or variant; however, distinct methylation patterns were observed in TP53 mutation carriers when compared to either TP53 wild-type healthy individuals or patients with early-onset breast cancer. DISCUSSION: This study represents an epigenome-wide analysis and targeted genetic survey of germline TP53 in early-onset, pre-menoupausal breast cancer. As a result of the mutation frequency observed, germline mutations in TP53 may need to be included in the genetic work-up of patients with early-onset breast cancer. Parallel studies of genome-wide methylation demonstrate these patterns may serve as an independent biomarker of early-onset breast cancer risk. Note: This abstract was not presented at the meeting. Citation Format: Nardin Samuel, Mathieu Lemire, Ana Novokmet, Thomas J. Hudson, David Malkin. Impact of TP53 mutations, single nucleotide variants and global methylation patterns on pre-menopausal breast cancer risk. [abstract]. In: Proceedings of the 106th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2015 Apr 18-22; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(15 Suppl):Abstract nr 4664. doi:10.1158/1538-7445.AM2015-4664
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».