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Enregistrement W1464760312 · doi:10.1128/9781555818180.ch12

Local Genetic Context, Supercoiling, and Gene Expression

2014· book-chapter· en· W1464760312 sur OpenAlexaff
Andrew St. Jean

Notice bibliographique

RevueASM Press eBooks · 2014
Typebook-chapter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA supercoilPlasmidTranscription (linguistics)GeneBiologyDNAGeneticsRNA polymeraseGenomeGene expressionEscherichia coliDNA replication

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This chapter discusses the influence a gene's neighbors can have on that gene's expression and looks at the mechanisms by which this can occur. Both the packaging of DNA and its metabolic functioning are greatly facilitated by supercoiling. Supercoiling imparts torsional stress to DNA, which influences its interaction with RNA polymerase and other DNA-binding proteins as well as contributing to its compaction. The importance of supercoiling to cellular functioning is illustrated by the tight control prokaryotes maintain over this property of their genomes. The greatest difference between small plasmids and larger molecules may be that plasmids can rotate the entire molecule around its long axis during transcription, relieving local changes in supercoding levels. One additional finding that further supports the twin-supercoil domain model is that the length of the transcript located upstream from the leu-500 promoter affects the level of supercoiling changes. The large difference in transcription rates between mutant and wild-type strains may here be obscuring the fact that doubling the output of a gene can have significant consequences for a cell, either good or bad, depending on the situation. 4,5',8-trimethylpsoralen (TMP) is a sensitive indicator of supercoiling, and it is claimed to be able to detect changes in supercoil levels of 15% and 12%. Changes of this magnitude are regularly experienced by the genome of Escherichia coli.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,543
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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