Molecular Mechanisms of Lysine Methylation
Notice bibliographique
Résumé
SET domain lysine methyltransferases (KMTs) are S‐adenosylmethionine (AdoMet)‐dependent enzymes that catalyze the site‐specific methylation of lysine residues in histones, transcription factors, and other protein substrates. SET domain KMTs also display product specificity, which is defined as their ability to catalyze different degrees of methylation of the lysine‐epsilon amine group, thus imparting an additional hierarchy in methyllysine signaling. To understand the mechanism underlying product specificity, we have characterized two active site mutants of the monomethylase SET7/9 that alter its specificity to a dimethylase and a trimethylase, respectively. Structures of the SET7/9 mutants in complex with peptides bearing unmodified, mono‐, di‐, and trimethylated lysines reveal that water molecules within the active site function as place holders that linearly align the lysine epsilon‐amine group with the methyl group of AdoMet to promote methyltransfer. As the methylation state of the lysine substrate increases during successive reactions, the water molecules dissociate from the active site, thereby enlarging the lysine binding channel to accommodate the increasing bulk of the methylated epsilon‐amine group. Collectively, our findings illuminate the catalytic roles of active site water molecules in facilitating lysine multiple methylation by SET domain KMTs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».