The quality of organic matter shapes the functional biogeography of bacterioplankton across boreal freshwater ecosystems
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim The need to go beyond taxonomy to understand patterns in microbial function has led to an increased use of trait‐based approaches, yet we know little about how microbial functional traits vary across large‐scale environmental gradients in natural ecosystems. Here, we apply a trait‐based approach to explore the large‐scale variability in the trait structure underlying the processing of dissolved organic matter (DOM) by boreal bacterioplankton communities, as well as its regulation and links to taxonomic composition. Location Samples were collected from 296 rivers and lakes across five regions in northern Quebec (Canada), which span large gradients in environmental, climatic and geographical properties typical of the boreal zone. Methods We used the metabolic profiles obtained with Biolog EcoPlates® as an imprint of the trait structure underlying bacterial processing of DOM, and Illumina sequencing of the 16SrRNA gene to characterize the taxonomic composition of these bacterial assemblages. The resulting spatial patterns were compared with an array of climatic, landscape and limnological properties varying at the landscape scale. Results Despite a clear regional segregation of the sampled sites based on environmental variables, the trait structure of boreal bacteria did not show any regional or ecosystem‐specific patterns, but rather was linked to a gradient of quality of DOM. Community trait configurations diverged progressively with decreasing terrestrial influence, probably due to local processes that transform and diversify the available pool of DOM. This DOM quality gradient did not explain the taxonomic biogeography of these communities, which was controlled by a different set of environmental factors. Main conclusions The functional biogeography of boreal bacterioplankton is driven by the nature of the DOM pool, and particularly by the influence of terrestrial DOM. The lack of coherence between functional and taxonomic biogeographies implies that the environmental controls of freshwater bacterial performance cannot be directly inferred from spatial patterns in taxonomic composition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».