Transcriptome Profiling of the Potato (Solanum tuberosum L.) Plant under Drought Stress and Water-Stimulus Conditions
Notice bibliographique
Résumé
Drought stress can seriously affect tuberization, yield and quality of potato plant. However, the precise molecular mechanisms governing potato stolon's response to drought stress and water supply are not very well understood. In this work, a potato (Solanum tuberosum L.) variant, Ningshu 4, was subjected to severe drought stress treatment (DT) and re-watering treatment (RWT) at tuber bulking stage. Strand-specific cDNA libraries of stolon materials were constructed for paired-end transcriptome sequencing analyses and differentially expressed gene (DEG) examination. In comparison to untreated-control (CT) plants, 3189 and 1797 DEGs were identified in DT and RWT plants and 4154 solely expressed DEGs were screened out from these two comparison groups. Interestingly, 263 genes showed opposite expression patterns in DT and RWT plants. Among them, genes homologous to Protein Phosphatase 2C (PP2C), Aspartic protease in guard cell 1 (ASPG1), auxin-responsive protein, Arabidopsis pseudo response regualtor 2 (APRR2), GA stimulated transcripts in Arabidopsis 6 (GASA6), Calmodulin-like protein 19 (CML19), abscisic acid 8'-hydroxylases and calcium-transporting ATPase, et al. were related with drought-stress and water stimulus response. Sixteen DEGs involved in starch synthesis, accumulation and tuber formation exhibited significantly different expression upon re-watering. In addition, 1630, 1527 and 1596 transcription factor encoding genes were detected in CT, DT and RWT. DEGs of ERF, bHLH, MYB, NAC, WRKY, C2H2, bZIP and HD-ZIP families accounted for 50% in three comparison groups, respectively. Furthermore, characteristics of 565 gene ontology (GO) and 108 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways (KEGG) were analyzed with the 4154 DEGs. All these results suggest that the drought- and water-stimulus response could be implemented by the regulated expression of metabolic pathway DEGs, and these genes were involved in the endogenous hormone biosynthesis and signal transduction pathways. Our data provide more direct information for future study on the interaction between key genes involved in various metabolic pathways under drought stress in potato.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».