Population structure of <i>Sclerotinia sclerotiorum</i> in crop and wild hosts in the UK
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Notice bibliographique
Résumé
Sclerotinia sclerotiorum is an important pathogen of many crop plants which also infects wild hosts. The population structure of this fungus was studied for different crop plants and Ranunculus acris (meadow buttercup) in the UK using eight microsatellite markers and sequenced sections of the intergenic spacer (IGS) region of the rRNA gene and the elongation factor 1‐alpha (EF) gene. A total of 228 microsatellite haplotypes were identified within 384 isolates from 12 S. sclerotiorum populations sampled in England and Wales. One microsatellite haplotype was generally found at high frequency in each population and was distributed widely across different hosts, locations and years. Fourteen IGS and five EF haplotypes were found in the 12 populations, with six IGS haplotypes and one EF haplotype exclusive to buttercup. Analysis of published sequences for S. sclerotiorum populations from the USA, Canada, New Zealand and Norway showed that three of the IGS haplotypes and one EF haplotype were widely distributed, while eight IGS haplotypes were only found in the UK. Although common microsatellite and IGS/EF haplotypes were found on different hosts in the UK, there was evidence of differentiation, particularly for one isolated population on buttercup. However, overall there was no consistent differentiation of S. sclerotiorum populations from buttercup and crop hosts. Sclerotinia sclerotiorum therefore has a multiclonal population structure in the UK and the wide distribution of one microsatellite haplotype suggests spatial mixing at a national scale. The related species S. subarctica was also identified in one buttercup population.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle