<scp>miRNAs</scp> dysregulated in association with Gleason grade regulate extracellular matrix, cytoskeleton and androgen receptor pathways
Notice bibliographique
Résumé
The Gleason grading system is an important determinant of treatment decisions and prognosis in prostate cancer. It has a number of limitations, including significant inter-observer variability, creating a need for biological parameters to accurately assess the Gleason grade. The objective of this study was to determine the molecular correlates of the different Gleason grades. Global miRNA expression was analysed in pure regions of each Gleason grade. Bioinformatics analysis was performed to predict miRNA-mediated signalling. We experimentally validated the effect of miRNAs on target gene expression and cellular functions using cell line models. We also examined the correlation of miRNAs with biochemical failure, metastasis and prognosis. We identified miRNAs that are differentially expressed between grades 3 and 5, and the top biological processes associated with Gleason grade transition were extracellular matrix (ECM)-mediated signalling, focal adhesion kinase- and mitogen-activated kinase pathways. Transfection with miR-29c, miR-34a and miR-141 repressed genes involved in ECM-mediated pathways, such as SRC, PRKCA, COL1A1, ITGB1 and MAPK13, and decreased cell proliferation and migration. Furthermore, miR-29c and miR-34a influenced downstream pathways that affect actin cytoskeleton organization and androgen receptor localization. Finally, miR-29c, miR-34a, miR-141 and miR-148a showed inverse correlations with biochemical recurrence, but were independent of other clinical parameters. Our results demonstrate the potential role of miRNAs as independent prognostic markers and pave the road for a biological-based reclassification of the Gleason grading system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».