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Enregistrement W1498123445 · doi:10.1126/science.1255905

Correlated gene expression supports synchronous activity in brain networks

2015· article· en· W1498123445 sur OpenAlexaff
Jonas Richiardi, André Altmann, Anna-Clare Milazzo, Catie Chang, M. Mallar Chakravarty, Tobias Banaschewski, Gareth J. Barker, Arun L.W. Bokde, Uli Bromberg, Christian Büchel, Patricia Conrod, Mira Fauth‐Bühler, Herta Flor, Vincent Frouin, Jürgen Gallinat, Hugh Garavan, Penny Gowland, Andreas Heinz, Hervé Lemaître, Karl Mann, Jean‐Luc Martinot, Frauke Nees, Tomáš Paus, Zdenka Pausová, Marcella Rietschel, Trevor W. Robbins, Michael N. Smolka, Rainer Spanagel, Andreas Ströhle, Günter Schumann, Mike Hawrylycz, Jean‐Baptiste Poline, Michael D. Greicius, Lisa Albrecht, Chris Andrew, Mercedes Arroyo, Éric Artiges, Semiha Aydın, Christine Bach, Alexis Barbot, Nathalie Boddaert, Zuleima Bricaud, Ruediger Bruehl, Arnaud Cachia, Anna Cattrell, Patrick Constant, Jeffrey W. Dalley, Benjamin Decideur, Sylvane Desrivières, Tahmine Fadai, Fanny Gollier Briand, Bert Heinrichs, Nadja Heym, Thomas Hübner, James J. Ireland, Bernd Ittermann, Tianye Jia, Mark Lathrop, Dirk Lanzerath, Claire Lawrence, Katharina Lüdemann, Christine Macare, Catherine Mallik, Jean‐François Mangin, Jean- Luc Martinot, Eva Mennigen, Fabiana Mesquita de Carvahlo, Xavier Mignon, Rubén Miranda, Kathrin Müller, Charlotte Nymberg, Marie-Laure Paillère, Luise Poustka, Michael A. Rapp, Guillaume Robert, J.H. Reuter, Stephan Ripke, Sarah Rodehacke, John Rogers, Alexander Romanowski, Barbara Ruggeri, Christine Schmäl, Dirk Schmidt, Sophia Schneider, MarkGunter Schumann, Yannick Schwartz, Wolfgang H. Sommer, Claudia Speiser, Tade Matthias Spranger, Alicia Stedman, Sabina Steiner, D.N. Stephens, Nicole Strache, Maren Struve, Naresh Subramaniam, Lauren Topper, Robert Whelan, Steven Williams, Juliana Yacubian, Mônica Zilbovicius, Cybele P. Wong, Steven Lubbe, Lourdes Martinez-Medina, Alinda R. Fernandes, Amir Tahmasebi

Notice bibliographique

RevueScience · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenSickKids FoundationUniversity of TorontoCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineMcGill UniversityDouglas Mental Health University Institute
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institutes of HealthMission Interministérielle de Lutte Contre les Drogues et les Conduites AddictivesFondation pour la Recherche MédicaleNational Institute of Neurological Disorders and StrokeBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute for Health and Care ResearchCalifornia Department of Fish and GameWellcome TrustNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilWellcome
Mots-clésFunctional connectivityResting state fMRINeuroscienceBiologyGeneFunctional magnetic resonance imagingGene expressionComputational biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During rest, brain activity is synchronized between different regions widely distributed throughout the brain, forming functional networks. However, the molecular mechanisms supporting functional connectivity remain undefined. We show that functional brain networks defined with resting-state functional magnetic resonance imaging can be recapitulated by using measures of correlated gene expression in a post mortem brain tissue data set. The set of 136 genes we identify is significantly enriched for ion channels. Polymorphisms in this set of genes significantly affect resting-state functional connectivity in a large sample of healthy adolescents. Expression levels of these genes are also significantly associated with axonal connectivity in the mouse. The results provide convergent, multimodal evidence that resting-state functional networks correlate with the orchestrated activity of dozens of genes linked to ion channel activity and synaptic function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations690
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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