The Silencing Face of DNA Replication: Gene Repression Mediated by DNA Replication Factors
Notice bibliographique
Résumé
IntroductionDNA replication in eukaryotes initiates at multiple origins.The activation of these origins is a critically important event in the life of each cell and is tightly regulated by numerous highly conserved trans-factors.Saccharomyces cerevisiae origins (called Autonomously Replicating Sequences, ARSs) contain a core A element called ACS (ARS Consensus Sequence), plus an array of auxiliary B elements.Most ARSs fire at their chromosomal positions, but there are numerous dormant ARSs as well.Instead of being origins, these dormant ARSs serve as silencer elements, which function in the epigenetic repression of nearby genes.Even more, many DNA replication trans-factors have also been reported to affect gene silencing.This puzzling functional duality of ARS and DNA replication factors has attracted significant interest.Evidence from other species has suggested that the overlap between gene silencing and DNA replication operates in other eukaryotes.In this chapter we will review in detail the activity of ARSs as origins of replication and as silencers.We will focus on sequence dissimilarities between silencer and origin ARSs and will propose a model for the functional duality of DNA replication factors. Origins of DNA replication in S.cerevisiaeEukaryotic origins of DNA replication display a significant inter-species diversity.In higher eukaryotes this diversity reaches a point where origin locations are difficult to identify by homology search (Mechali, 2010).A remarkable exception of this diversity occurs in the yeast S.cerevisiae.In this organism the first functional origins have been identified by screens for DNA elements which confer DNA replication on plasmids (Stinchcomb et al., 1979;Chan & Tye, 1980;Kearsey, 1983).Comparison between these autonomously replicating sequences (ARSs) have shown that they encompass approximately 200bp of DNA and contain perfect or one-base mismatches to the 11 bp ARS consensus sequence (ACS) 5'-WTTAYRTTTW-3' (where W=A/T; Y=C/T; R=A/G).Linker scanning substitutions in several ARSs have determined that the ACS is the sole essential element for DNA replication (Marahrens & Stillman, 1992;
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».