Measurement of Protein Phosphorylation Stoichiometry by SRM‐MS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Protein phosphorylation is a major post‐translational modification involved in most biological processes and numerous diseases. Much biological relevance lies in the knowledge of the extent of phosphorylation at any given protein phosphorylation site, i.e., protein phosphorylation stoichiometry. Major progress in quantitative mass spectrometry has allowed the establishment of protocols that permit accurate determination of protein phosphorylation stoichiometry. The Basic Protocol presented herein describes a label‐free mass spectrometry approach for determining phosphorylation stoichiometry using electrospray nano‐liquid chromatography coupled to selected reaction monitoring (SRM). This entails the calculation of the respective response rates of the phosphorylated and unphosphorylated cognate peptide species using a peptide dephosphorylation reaction. The ratio of these response rates is then applied as a correction factor to the LC‐SRM‐MS signal intensity ratio of the corresponding endogenous phosphopeptide/nonphosphopeptide pair in a biological sample of interest. An Alternate Protocol is also presented that describes how heavy isotope‐labeled synthetic peptides can be used as internal standards to determine the stoichiometry of phosphorylation. Curr. Protoc. Chem. Biol. 4:65‐81 © 2012 by John Wiley & Sons, Inc.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».