Evaluation of a multiplex polymerase chain reaction for early diagnosis of ventriculostomy-related infections
Notice bibliographique
Résumé
OBJECT: Diagnosis of ventriculostomy-related infections (VRIs) is challenging due to the lack of rapid, sensitive assays for pathogen detection. The authors report the development of a multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay for differential diagnosis of common VRI pathogens. METHODS: MassTag PCR was used to develop a multiplex assay for detection of 11 VRI pathogens. The assay was established and optimized using cloned template standards and spiked samples and was then evaluated on CSF specimens from ventricular drains. Subjects were grouped into definite VRI, possible VRI, or no VRI based on conventional microbiology, CSF evaluation, and clinical parameters. RESULTS: CSF specimens were obtained from 45 subjects (median age 49 years, interquartile range 32-63 years; 51% were male). The assay detected 10-100 genome copies. It detected a pathogen in 100% (6 of 6) of definite VRI cases in which a pathogen targeted by the assay was present; these represented 67% of all definite VRIs (6 of 9). Among subjects with a possible VRI, the assay detected a pathogen in 29% (5 of 17). In subjects without overt infection the presence of a pathogen was detected in 32% of subjects (6 of 19), albeit with lower signal compared with the VRI group. CONCLUSIONS: MassTag PCR enabled parallel testing of CSF specimens for 11 pathogens of VRI. The high sensitivity of PCR combined with possible device colonization, specimen contamination, and concurrent antibiotic treatments limit the clinical value of the assay, similar to other current diagnostic approaches. With further optimization, multiplex PCR may provide timely identification of multiple possible VRI pathogens and guide management, complementing classic culture approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».