Transcriptional networks in whole blood of asthmatics
Notice bibliographique
Résumé
Allergen inhalation challenge causes significant changes in the blood transcriptomes of mild atopic asthmatic individuals [ 1 ]. Systems biology approaches have been used to identify transcriptional networks that reflect underlying disease processes. Such networks provide insights into the correlation patterns among genes and may identify specific molecular processes associated with asthmatic responses. Transcriptional networks can be identified using blood expression data and are associated with allergen-induced asthmatic responses. 14 participants (8 early responders and 6 dual responders) with mild, atopic asthma underwent a cat allergen inhalation challenge as part of the AllerGen Clinical Investigator Collaborative. The subjects’ whole blood samples were collected immediately prior to allergen challenge (pre-challenge) and 2 hours after the challenge (post-challenge). Whole blood transcriptional profiling was performed using Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Arrays. The correlation networks (modules) were identified using weighted gene correlation network analysis (WGCNA) [ 2 ]. Pathway analysis was performed using GeneGo. 21,727 mRNA transcripts were profiled across 28 samples (14 pre and 14 post). Highly expressed mRNA transcripts (10,044, mean expression > log (base2) 6) were retained for WGCNA. WGCNA identified nine modules many of which were associated with various immune cell-types. A gene module consisting of 384 genes was significantly (p=0.0008) associated with the late phase asthmatic response and also significantly (p=1e-07) correlated with the compositional abundance of T cells. Pathways analysis of these genes indicated T cell receptor signaling pathway, TCR and CD28 co-stimulation in activation of NF-kβ and ICOS pathway in T-helper cells as the top significant pathways (FDR=10%). Transcriptional networks can be identified using whole blood expression data. Many transcriptional networks were associated with various cell-types frequencies, which may indicate the role of cell-specific gene expression in the development of asthmatic responses. Validation of these transcriptional networks will be performed using a larger asthma blood expression dataset.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».