Longitudinal analysis of peripheral blood T cell receptor diversity in patients with systemic lupus erythematosus by next-generation sequencing
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: T cells play an important role in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus (SLE). Clonal expansion of T cells correlating with disease activity has been observed in peripheral blood (PB) of SLE subjects. Recently, next-generation sequencing (NGS) of the T cell receptor (TCR) β loci has emerged as a sensitive way to measure the T cell repertoire. In this study, we utilized NGS to assess whether changes in T cell repertoire diversity in PB of SLE patients correlate with or predict changes in disease activity. METHODS: Total RNA was isolated from the PB of 11 SLE patients. Each subject had three samples, collected at periods of clinical quiescence and at a flare. Twelve age-matched healthy controls (HC) were used for reference. NGS was used to profile the complementarity-determining region 3 (CDR3) of the rearranged TCR β loci. RESULTS: Relative to the HC, SLE patients (at quiescence) demonstrated a 2.2-fold reduction in repertoire diversity in a given PB volume (P <0.0002), a more uneven distribution of the repertoire (Gini coefficient, HC vs SLE, P = 0.015), and a trend toward increased percentage of expanded clones in the repertoire (clone size >1.0%, HC vs SLE, P = 0.078). No significant correlation between the overall repertoire diversity and clinical disease activity was observed for most SLE patients with only two of eleven SLE patients showing a decreasing trend in repertoire diversity approaching the flare time point. We did not observe any overlap of CDR3 amino acid sequences or a preferential Vβ or Jβ gene usage among the top 100 expanded clones from all SLE patients. In both HC and SLE, the majority of the expanded clones were remarkably stable over time (HC = 5.5 ±0.5 months, SLE = 7.2 ±2.4 months). CONCLUSIONS: A significant decrease in T cell repertoire diversity was observed in PB of SLE patients compared to HC. However, in most SLE patients, repertoire diversity did not change significantly with increases in disease activity to a flare. Thus, without a priori knowledge of disease-specific clones, monitoring TCR repertoire in PB from SLE patients is not likely to be useful to predict changes in disease activity.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».