Characterization of linkage disequilibrium, consistency of gametic phase and admixture in Australian and Canadian goats
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Basic understanding of linkage disequilibrium (LD) and population structure, as well as the consistency of gametic phase across breeds is crucial for genome-wide association studies and successful implementation of genomic selection. However, it is still limited in goats. Therefore, the objectives of this research were: (i) to estimate genome-wide levels of LD in goat breeds using data generated with the Illumina Goat SNP50 BeadChip; (ii) to study the consistency of gametic phase across breeds in order to evaluate the possible use of a multi-breed training population for genomic selection and (iii) develop insights concerning the population history of goat breeds. RESULTS: Average r(2) between adjacent SNP pairs ranged from 0.28 to 0.11 for Boer and Rangeland populations. At the average distance between adjacent SNPs in the current 50 k SNP panel (~0.06 Mb), the breeds LaMancha, Nubian, Toggenburg and Boer exceeded or approached the level of linkage disequilibrium that is useful (r(2) > 0.2) for genomic predictions. In all breeds LD decayed rapidly with increasing inter-marker distance. The estimated correlations for all the breed pairs, except Canadian and Australian Boer populations, were lower than 0.70 for all marker distances greater than 0.02 Mb. These results are not high enough to encourage the pooling of breeds in a single training population for genomic selection. The admixture analysis shows that some breeds have distinct genotypes based on SNP50 genotypes, such as the Boer, Cashmere and Nubian populations. The other groups share higher genome proportions with each other, indicating higher admixture and a more diverse genetic composition. CONCLUSIONS: This work presents results of a diverse collection of breeds, which are of great interest for the implementation of genomic selection in goats. The LD results indicate that, with a large enough training population, genomic selection could potentially be implemented within breed with the current 50 k panel, but some breeds might benefit from a denser panel. For multi-breed genomic evaluation, a denser SNP panel also seems to be required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».