Sparse Bayesian Variable Selection for the Identification of Antigenic Variability in the Foot-and-Mouth Disease Virus
Notice bibliographique
Résumé
Vaccines created from closely related viruses are vital for offering protection against newly emerging strains. For Foot-and-Mouth dis-ease virus (FMDV), where multiple serotypes co-circulate, testing large numbers of vac-cines can be infeasible. Therefore the de-velopment of an in silico predictor of cross-protection between strains is important to help optimise vaccine choice. Here we de-scribe a novel sparse Bayesian variable selec-tion model using spike and slab priors which is able to predict antigenic variability and identify sites which are important for the neu-tralisation of the virus. We are able to iden-tify multiple residues which are known to be key indicators of antigenic variability. Many of these were not identified previously us-ing Frequentist mixed-effects models and still cannot be found when an `1 penalty is used. We further explore how the Markov chain Monte Carlo (MCMC) proposal method for the inclusion of variables can offer signif-icant reductions in computational require-ments, both for spike and slab priors in gen-eral, and our hierarchical Bayesian model in particular. 1
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».