Phylogenetic analysis of methanogens from the bovine rumen
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Interest in methanogens from ruminants has resulted from the role of methane in global warming and from the fact that cattle typically lose 6 % of ingested energy as methane. Several species of methanogens have been isolated from ruminants. However they are difficult to culture, few have been consistently found in high numbers, and it is likely that major species of rumen methanogens are yet to be identified. RESULTS: Total DNA from clarified bovine rumen fluid was amplified using primers specific for Archaeal 16S rRNA gene sequences (rDNA). Phylogenetic analysis of 41 rDNA sequences identified three clusters of methanogens. The largest cluster contained two distinct subclusters with rDNA sequences similar to Methanobrevibacter ruminantium 16S rDNA. A second cluster contained sequences related to 16S rDNA from Methanosphaera stadtmanae, an organism not previously described in the rumen. The third cluster contained rDNA sequences that may form a novel group of rumen methanogens. CONCLUSIONS: The current set of 16S rRNA hybridization probes targeting methanogenic Archaea does not cover the phylogenetic diversity present in the rumen and possibly other gastro-intestinal tract environments. New probes and quantitative PCR assays are needed to determine the distribution of the newly identified methanogen clusters in rumen microbial communities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».