Genetic interrelationships of North American populations of giant liver fluke Fascioloides magna
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Population structure and genetic interrelationships of giant liver fluke Fascioloides magna from all enzootic North American regions were revealed in close relation with geographical distribution of its obligate definitive cervid hosts for the first time. METHODS: Variable fragments of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (cox1; 384 bp) and nicotinamide dehydrogenase subunit I (nad1; 405 bp) were applied as a tool. The concatenated data set of both cox1 and nad1 sequences (789 bp) contained 222 sequences that resulted in 50 haplotypes. Genetic data were analysed using Bayesian Inference (BI), Maximum Likelihood (ML) and Analysis of Molecular Variance (AMOVA). RESULTS: Phylogenetic analysis revealed two major clades of F. magna, which separated the parasite into western and eastern populations. Western populations included samples from Rocky Mountain trench (Alberta) and northern Pacific coast (British Columbia and Oregon), whereas, the eastern populations were represented by individuals from the Great Lakes region (Minnesota), Gulf coast, lower Mississippi, and southern Atlantic seaboard region (Mississippi, Louisiana, South Carolina, Georgia, Florida) and northern Quebec and Labrador. Haplotype network and results of AMOVA analysis confirmed explicit genetic separation of western and eastern populations of the parasite that suggests long term historical isolation of F. magna populations. CONCLUSION: The genetic makeup of the parasite's populations correlates with data on historical distribution of its hosts. Based on the mitochondrial data there are no signs of host specificity of F. magna adults towards any definitive host species; the detected haplotypes of giant liver fluke are shared amongst several host species in adjacent populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».