Clostridium difficile in vegetables, Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Clostridium difficile is an important gastrointestinal pathogen of humans and animals. It has been isolated from various foods, including meat and ready-to-eat salads, and concern has been expressed regarding food as a possible source of human C. difficile infection (CDI). AIMS: We sought to isolate C. difficile from a variety of vegetables obtained from local grocery stores and to characterize these isolates. MATERIALS AND METHODS: Vegetables were purchased from 11 different grocery stores in Guelph, Ontario, Canada between May and August 2009. Enrichment culture was performed and isolates were characterized by ribotyping, PFGE, toxinotyping and PCR detection of toxin genes. RESULTS: Clostridium difficile was isolated from 4.5% (5/111) of retail vegetables. Two different ribotypes and two different toxinotypes were identified. Three isolates were ribotype 078/NAP 7/toxinotype V, possessing all three toxin genes. The other two isolates shared a ribotype with a toxigenic strain previously found in humans with CDI in this region. DISCUSSION: Contamination of vegetables was found at relatively low levels, however, all isolates were toxigenic and belonging to ribotypes previously associated with CDI. CONCLUSIONS: Contamination of vegetables with CDI-associated isolates can occur and although the implications for food safety practices remain elusive, the presence of toxigenic isolates suggests vegetables could be a source of C. difficile in humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,035 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».