Identification of a novel motif in MARCH1 that affects the conformation and the E3 ubiquitin ligase activity (65.10)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Some members of the MARCH family of RING-type E3 ubiquitin ligases target important players of immune responses. Of these, MARCH1 prevents the cell surface accumulation of MHC class II molecules and regulates antigen presentation in response to IL-10 in human primary monocytes (Thibodeau et. al., Eur JI 2008). Structure-function analysis of mouse MARCH1 showed the presence of two functional tyrosine-based endosomal sorting motifs in the C-terminal cytoplasmic part of the protein. We investigated the importance of the corresponding motifs in human MARCH1. Site-directed mutagenesis of these tyrosines did not reduce the activity of MARCH1 in transfected cells. However, a reporter molecule fused to the C-terminal cytoplasmic domain of MARCH1 was expressed less efficiently at the plasma membrane. A series of deletions were made in the C-terminal part of MARCH1 and a new functional motif was discovered. BRET experiments revealed that this motif is important for the spatial organisation of the two cytoplasmic domains of MARCH1. Interestingly, this motif is also present in others RING-type E3 ubiquitin ligases such as Parkin and its alteration is linked to the development of the disease in certain patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».