Prevalence and Characterization of Shiga Toxin-Producing <i>Escherichia coli</i> Isolated from Cattle, Food, and Children during a One-Year Prospective Study in France
Notice bibliographique
Résumé
During a 1-year survey of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) prevalence in central France, 2,143 samples were investigated by PCR for Shiga toxin-encoding genes. A total of 330 (70%) of 471 fecal samples collected from healthy cattle at the Clermont-Ferrand slaughterhouse, 47 (11%) of 411 beef samples, 60 (10%) of 603 cheese samples, and 19 (3%) of 658 stool specimens from hospitalized children with and without diarrhea were positive for the stx gene(s). A STEC strain was isolated from 34% (162 of 471) of bovine feces, 4% (16 of 411) of beef samples, 1% (5 of 603) of cheese samples, and 1.5% (10 of 658) of stool specimens. Of the 220 STEC strains isolated, 34 (15%) harbored the stx(1) gene, 116 (53%) harbored the stx(2) gene, and 70 (32%) carried both the stx(1) and stx(2) genes. However, 32 (14.5%) were not cytotoxic for Vero cells. The eae gene, found in 12 (5%) of the 220 strains, was significantly associated with the stx(1) gene and with isolates from children. Sequences homologous to ehxA were found in 102 (46%) of the 220 strains. Thirteen serotypes, OX3:H2, O113:H21, O113:H4, OX3:H21, O6:H10, OX178:H19, O171:H2, O46:H38, O172:H21, O22:H16, O91:H10, O91:H21, and O22:H8, accounted for 102 (55%) of 186 typeable isolates, and only one strain (0.5% of the 186 STEC isolates from cattle), belonged to the O157:H7 serotype. We showed that the majority of the STEC isolates from cattle, beef, and cheese were not likely to be pathogenic for humans and that the STEC strains isolated from children in this study were probably not responsible for diarrheal disease. Finally, the strains associated with hemolytic-uremic syndrome in the same geographical area were shown to belong to particular subsets of the STEC population found in the bovine reservoir.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».