Respiratory tract versus cloacal sampling of migratory ducks for influenza A viruses: are both ends relevant?
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Early studies in dabbling ducks showed that cloacal swabs yielded a larger number of avian influenza virus (AIV) isolates than did respiratory tract swabs. Historically, AIV surveillance has been performed by collecting cloacal or environmental fecal samples only. Highly pathogenic avian influenza H5N1 virus emerged in 1996 and replicated to higher titers in the respiratory rather than the gastrointestinal tract of ducks, prompting the collection of respiratory samples in addition to cloacal swabs from wild birds. Studies confirmed that some virus subtypes, especially H9 and highly pathogenic H5, are shed primarily through the respiratory tract and may not be detected in cloacal swabs. OBJECTIVES: To examine prevalence and subtype differences for AIV isolates from cloacal or respiratory swabs of wild ducks and to determine whether individual respiratory tract samples should be included in AIV surveillance studies in wild birds. METHODS: Individual respiratory tract and cloacal swabs were collected from each of 1036 wild ducks in Alberta, Canada, during the month of August from 2007 to 2010 in an ongoing surveillance study. Virus isolation in eggs and subtype identification by antigenic and molecular methods were performed. RESULTS AND CONCLUSIONS: Respiratory tract and cloacal swabs yielded ten influenza virus HA subtypes representing 28 HA-NA combinations. Three HA-NA subtype combinations were found exclusively in respiratory tract samples. Only four HA subtypes (H1, H3, H4, and H7) were recovered from respiratory samples, but respiratory shedding was associated with the dominance of 1 year's subtype. Might respiratory shedding provide a risk assessment indicator?
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».