MAP-ping genomic organization and organ-specific expression profiles of poplar MAP kinases and MAP kinase kinases
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: As in other eukaryotes, plant mitogen-activated protein kinase (MAPK) cascades are composed of three classes of hierarchically organized protein kinases, namely MAPKKKs, MAPKKs, and MAPKs. These modules rapidly amplify and transduce extracellular signals into various appropriate intracellular responses. While extensive work has been conducted on the post-translational regulation of specific MAPKKs and MAPKs in various plant species, there has been no systematic investigation of the genomic organization and transcriptional regulation of these genes. RESULTS: Ten putative poplar MAPKK genes (PtMKKs) and 21 putative poplar MAPK genes (PtMPKs) have been identified and located within the poplar (Populus trichocarpa) genome. Analysis of exon-intron junctions and of intron phase inside the predicted coding region of each candidate gene has revealed high levels of conservation within and between phylogenetic groups. Expression profiles of all members of these two gene families were also analyzed in 17 different poplar organs, using gene-specific primers directed at the 3'-untranslated region of each candidate gene and real-time quantitative PCR. Most PtMKKs and PtMPKs were differentially expressed across this developmental series. CONCLUSION: This analysis provides a complete survey of MAPKK and MAPK gene expression profiles in poplar, a large woody perennial plant, and thus complements the extensive expression profiling data available for the herbaceous annual Arabidopsis thaliana. The poplar genome is marked by extensive segmental and chromosomal duplications, and within both kinase families, some recently duplicated paralogous gene pairs often display markedly different patterns of expression, consistent with the rapid evolution of specialized protein functions in this highly adaptive species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».