The small RNA RyhB activates the translation of <i>shiA</i> mRNA encoding a permease of shikimate, a compound involved in siderophore synthesis
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Notice bibliographique
Résumé
RyhB is a small RNA (sRNA) that downregulates about 20 genes involved in iron metabolism. It is expressed under low iron conditions and pairs with specific mRNAs to trigger their rapid degradation by the RNA degradosome. In contrast to this, another study has suggested that RyhB also activates several genes by increasing their mRNA level. Among these activated genes is shiA, which encodes a permease of shikimate, an aromatic compound participating in the biosynthesis of siderophores. Here, we demonstrate in vivo and in vitro that RyhB directly pairs at the 5'-untranslated region (5'-UTR) of the shiA mRNA to disrupt an intrinsic inhibitory structure that sequesters the ribosome-binding site (Shine-Dalgarno) and the first translation codon. This is the first demonstration of direct gene activation by RyhB, which has been exclusively described in degradation of mRNAs. Our physiological results indicate that the transported compound of the ShiA permease, shikimate, is important under conditions of RyhB expression, that is, iron starvation. This is demonstrated by growth assays in which shikimate or the siderophore enterochelin correct the growth defect observed for a ryhB mutant in iron-limited media.
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle