Evaluation of Western blotting methods using samples with or without sodium phosphotungstic acid precipitation for diagnosis of scrapie and chronic wasting disease.
Notice bibliographique
Résumé
The purpose of this study was to enhance the sensitivity of the Western blot (WB) test for use as an alternative and confirmatory method for the diagnosis of scrapie and chronic wasting disease (CWD) in Canada by comparing 2 sample preparation procedures: an abnormal prion protein (PrPSc) concentration procedure using sodium phosphotungstic acid (PTA) precipitation and a procedure using crude sample without precipitation. A total of 100 cerebrum samples (52 sheep and 48 elk), including 66 negative (31 sheep, 35 elk) and 34 positive (21 scrapie and 13 CWD positive) samples diagnosed by using immunohistochemistry (IHC) on retropharyngeal lymph node (RPLN) and medulla oblongata at obex, were tested by using WB with the 2 sample preparation procedures. The WB using non-PTA enriched sample (crude extract) detected, on average, only 71.7% (9 of 15, 60.0% for scrapie, 5 of 6, 83.3% for CWD) of the samples that tested positive by using WB with PTA enriched samples. No case was positive by WB using crude extract but negative by WB using PTA enriched sample. No false positive was found. Serial dilution of PTA precipitated samples demonstrated that the technique increases the detection limit approximately 100 fold. Additionally, the comparison of the WB and IHC on cerebrum from all the positive cases demonstrated that WB following PTA precipitation and IHC had 100% agreement by detecting 6 positive for CWD on cerebrum; while IHC detected scrapie in only 14 out of 15 positive cerebrum samples by using WB following PTA precipitation. Phosphotungstic acid precipitation is therefore a useful adjunct to WB analysis of scrapie and CWD and tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».