Differential proteomics of metastatic and non-metastatic lung carcinoma cell lines
Notice bibliographique
Résumé
4548 Two lung carcinoma cell lines, CL1-0 and CL1-5 [Chu, Y. W. et al. Am. J. Respir.Cell. Mol. Biol., 17: 353-360, 1997] are different in their invasive and metastatic potential. Both cell lines form tumors when injected to mice, but only CL1-5 cells lead to tumors capable of metastasizing to lungs. For the purpose of this work we used subcellular fractions obtained from CL1-0 and CL1-5 cells. Proteins in the cytosol were labeled with two different fluorescent dyes. We chose Alexa Fluor 555 and Alexa Fluor 647 C 2 maleimide derivatives (Invitrogen) for their stability, similar molecular weight and affordability. The cytosol proteins were labeled with the excess of the dye - each sample with a different dye. Equal amounts of labeled CL1-0 and CL1-5 cytosols were mixed and proteins resolved by 2D-gel electrophoresis. The 2D-gels were scanned (Typhoon, GE Healthcare) and protein spots belonging to either CL1-0, or to CL1-5 were identified. In addition to the fluorescence overlay image, proteins were visualized by silver staining, extracted from the gel and subjected to in-gel tryptic digestion and LC-MS/MS analysis. To verify reproducibility of labeling and separation by 2-D PAGE we inversed the labeling and repeated the proteomic analysis. Due to a higher molecular weight of Alexa Fluor 647 C 2 maleimide (approx.50 Da), saturation labeling of low-molecular-weight proteins resulted in a small, but easy to recognize shift of the spots on the overlay image. Importantly, isoelectric point was the same for proteins labeled either with Alexa Fluor 555, or Alexa Fluor 647. In both experiments we observed the same unique spots. Unique protein spots were observed mainly in CL1-0 and absent, or decreased in CL1-5 cytosol samples, i.e., down-regulated in more metastatic carcinoma cell line. Among the proteins down-regulated in CL1-5 cells were annexin I (ANX1), heat shock protein 27 (HSP 27) and down-regulated ovarian cancer 1 (DOC1), all three already established cancer markers. Somewhat unexpected was identification of the biliverdin IX beta reductase (AAB29537), a protein shown to have an antiapoptotic activity. Western blot analysis confirmed a high level of HSP27 and ANX1 in cytosols from CL1-0 cells, and a much lower signal for these proteins was observed in CL1-5 cells. In overall, we have demonstrated that Alexa Fluor dyes can be used successfully in the differential gel electrophoresis and subsequent proteomic identification of the cancer protein markers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».