Analysis of single-copy, nuclear microsatellite markers from flies collected on sticky traps
Notice bibliographique
Résumé
Sticky traps can provide large numbers of spatially referenced samples for use in molecular ecological studies of insects. However, the adhesives used on these traps, and the methods used to clean adhesive off trapped individuals, could potentially interfere with downstream molecular analyses. Specimens captured on sticky traps have been successfully used to analyse mitochondrial or multiple-copy ribosomal DNA markers, but not single-copy nuclear markers. Furthermore, the effects of trap adhesive and cleaning protocol on the success of molecular analyses have not been explored. Here, we examine the effects of trap adhesive, sample cleaning method, and sample storage condition on DNA concentration and purity, and on the ability to amplify single-copy, nuclear microsatellite loci, using specimens of the western cherry fruit fly, Rhagoletis indifferens (Diptera: Tephritidae) captured on sticky traps in an orchard. We could extract DNA of high purity, and amplify microsatellite loci in multi-plex polymerase chain reaction (PCR), under all combinations of treatments. However, DNA yield, DNA purity and the yield of PCR products were affected by treatment, with complex interactions among trap adhesive, sample cleaning method, and storage condition. Samples that were cleaned with acetone and stored dry had the highest DNA concentration. With respect to PCR amplification, samples cleaned with Histo-clear produced much less product than those cleaned with acetone or not cleaned at all, whereas samples that were stored dry produced more PCR product than samples stored in ethanol. Insects captured on sticky traps can thus provide genetic data appropriate for molecular ecological analyses under a wide range of treatment conditions. However, potential interactions among adhesives, cleaning protocols and storage conditions suggest that any novel combination for treatment of samples from sticky traps should be tested on a small scale prior to collecting large numbers of samples for genetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».