Analysis of single-copy, nuclear microsatellite markers from flies collected on sticky traps
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Notice bibliographique
Résumé
Sticky traps can provide large numbers of spatially referenced samples for use in molecular ecological studies of insects. However, the adhesives used on these traps, and the methods used to clean adhesive off trapped individuals, could potentially interfere with downstream molecular analyses. Specimens captured on sticky traps have been successfully used to analyse mitochondrial or multiple-copy ribosomal DNA markers, but not single-copy nuclear markers. Furthermore, the effects of trap adhesive and cleaning protocol on the success of molecular analyses have not been explored. Here, we examine the effects of trap adhesive, sample cleaning method, and sample storage condition on DNA concentration and purity, and on the ability to amplify single-copy, nuclear microsatellite loci, using specimens of the western cherry fruit fly, Rhagoletis indifferens (Diptera: Tephritidae) captured on sticky traps in an orchard. We could extract DNA of high purity, and amplify microsatellite loci in multi-plex polymerase chain reaction (PCR), under all combinations of treatments. However, DNA yield, DNA purity and the yield of PCR products were affected by treatment, with complex interactions among trap adhesive, sample cleaning method, and storage condition. Samples that were cleaned with acetone and stored dry had the highest DNA concentration. With respect to PCR amplification, samples cleaned with Histo-clear produced much less product than those cleaned with acetone or not cleaned at all, whereas samples that were stored dry produced more PCR product than samples stored in ethanol. Insects captured on sticky traps can thus provide genetic data appropriate for molecular ecological analyses under a wide range of treatment conditions. However, potential interactions among adhesives, cleaning protocols and storage conditions suggest that any novel combination for treatment of samples from sticky traps should be tested on a small scale prior to collecting large numbers of samples for genetic studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle