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Enregistrement W1530401631 · doi:10.1002/9780470015902.a0003004.pub2

Protein Unfolding and Denaturants

2012· other· en· W1530401631 sur OpenAlexaff
Lars Konermann

Notice bibliographique

RevueEncyclopedia of Life Sciences · 2012
Typeother
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Structure and Dynamics
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryEquilibrium unfoldingNative stateProtein foldingChemical stabilityProtein structureCrystallographyBiophysicsBiochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The biologically active (native) state of most proteins is characterised by a tightly folded and highly ordered conformation. Denaturants are chemical or physical agents that can induce unfolding of the polypeptide chain. Examples include urea, heat, extremes of pH, as well as some detergents. Unfolded proteins adopt a largely disordered structure. Denaturants can interact directly with the protein, or they can alter the properties of the surrounding aqueous environment. Despite the routine use of denaturants in the biochemical laboratory, the mechanisms whereby these agents destabilise the native state remain poorly understood. Folded protein structures are only marginally stable. As a result, relatively subtle alterations in the physical and chemical properties of the solvent can cause major changes in position of the unfolding equilibrium. This review briefly discusses the most commonly used denaturants, their likely mechanisms of action, as well as some thermodynamic aspects. Key Concepts: The biologically active (native) state N of proteins represents a highly ordered and tightly folded structure. N is in equilibrium with an extensively disordered (unfolded) state U. Denaturing agents (e.g. urea, extremes of pH and temperature) shift the unfolding equilibrium from N to U. The exact mechanism of action remains unclear for most denaturants. The position of the unfolding equilibrium is governed by an interplay of enthalpic and entropic contributions that affect the free energy of unfolding according to Δ G 0 =Δ H 0 – T Δ S 0 . The sign and magnitude of Δ G 0 represents the thermodynamic stability of N; N is stable when Δ G 0 >0. Unfolding can be triggered by increasing the temperature T , because U has a higher entropy than N (Δ S 0 >0). Protein stability measurements are commonly carried out by employing urea or guanidinium chloride‐induced unfolding in conjunction with optical detection. Some proteins adopt semiunfolded structures (intermediates) under mildly denaturing conditions. Protein (un)folding can be studied under equilibrium conditions and in kinetic experiments.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,391
Score d'incertitude au seuil0,500

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations36
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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