Abstract T P191: Using Clinical Trial Data to Generate Causative Classification System (CCS) Ischemic Stroke Phenotypes for the NINDS Stroke Genetics Network (SiGN)
Notice bibliographique
Résumé
Background: Recruitment and phenotyping constitute major costs in stroke genetics research. Clinical trial datasets that include biological samples provide an opportunity to leverage richly phenotyped cases for genomic research. However, the heterogeneity of stroke and methodological differences across studies present challenges. We developed and validated a systematic method of mapping data abstracted from a multicenter randomized clinical trial to the inputs of the CCS stroke subtyping system for the SiGN study. Methods: The SiGN Phenotype Committee and the Secondary Prevention of Small Subcortical Strokes (SPS3) research team systematically reviewed SPS3 case report forms (CRF) to identify key elements required to generate CCS subtyping, and drafted and refined mapping rules using a derivation set of 30 charts. The resultant algorithm was compared to manual entry of clinical information into the CCS in a test set of 30 randomly selected charts. This identified problems due to multiple versions of CRFs (up to 7 versions) and prompted revision of the mapping rules. We assessed the revised algorithm in an independent test set. Results: None of the subtype classifications agreed in the initial testing prompting revision to allow capture information from different versions of the CRFs. The revised mapping algorithm applied to the same test set performed well; 29/30 agreed - 20 small artery occlusion (SAO) evident, 4 SAO possible, 2 SAO probable and 3 supra-aortic large artery atherosclerosis evident). The one chart that disagreed was classified as SAO evident by manual entry but as undetermined by the data mapping rules. In the 2nd independent test set, 30/30 agreed: 22 SAO evident, 4 SAO possible, 3 supra-aortic large artery atherosclerosis evident and 1 undetermined unknown - incomplete evaluation. Conclusions: We created mapping rules using CRFs from a clinical trial to allow reliable subtype classification using the CCS. Issues related to multiple iterations of CRFs presented challenges. Highly phenotyped stroke cases from clinical trials represent a cost-effective opportunity for genomic research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,063 | 0,301 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».