Assessment of the purity of isolated cell populations for lineage‐specific chimerism monitoring post haematopoietic stem cell transplantation
Notice bibliographique
Résumé
Following haematopoietic stem cell transplantation, monitoring the proportion of donor and recipient haematopoiesis in the patient (chimerism) is an influential tool in directing further treatment choices. Short tandem repeat (STR) analysis is a method of chimerism monitoring using DNA isolated from peripheral blood, bone marrow or specific isolated cell lineages such as CD3+ T cells. For lineage-specific STR analysis on cell populations isolated from peripheral blood, a qualitative estimation of the purity of each isolated population is essential for the correct interpretation of the test data. We describe a rapid, inexpensive method for the determination of purity using a simple flow cytometry method. The method described for assessing the purity of sorted CD3+ cells can be applied to any cell population isolated using the same technology. Data obtained were comparable to results from a commercial polymerase chain reaction (PCR)-based method for the assessment of purity (Non-T Genomic Detection Kit, Accumol, Calgary, AB, Canada) (P = 0.59). Of the 303 samples tested by flow cytometry, 290 (95.7%) exceeded 90% purity, and 215 (70.95%) were over 99% pure. There were some outlying samples, showing diversity between samples and the unpredictability of purity of isolated cell populations. This flow cytometry method can be easily assimilated into routine testing protocols, allowing purity assessment in multiple-sorted cell populations for lineage-specific chimerism monitoring using a single secondary antibody and giving results comparable to a PCR-based method. As purity of isolated cell lineages is affected by time after venepuncture and storage temperature, assessment of each sample is recommended to give a reliable indication of sample quality and confidence in the interpretation of the results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».