microRNA profiling in pulmonary fibroblasts in COPD
Notice bibliographique
Résumé
COPD is characterized by emphysema with loss of extracellular matrix (ECM), and (small) airways disease with increased ECM deposition and airway wall thickening. How both processes can occur in close proximity in one lung is unknown and needs more attention. Fibroblasts are the principal cells involved in ECM production in the lung. MicroRNAs are small RNAs that can cause downregulation of target protein expression. We hypothesize that microRNA-mediated differences between COPD and healthy fibroblasts, and additionally airway and parenchymal fibroblasts, contribute to the airway and parenchymal changes in COPD. We profiled microRNA expression in pulmonary fibroblasts from severe COPD patients and controls to investigate effects of COPD, smoking (ex-smokers vs current smokers) and fibroblast type (airway vs parenchymal fibroblasts). Using linear models we found 42 microRNAs differentially expressed in COPD patients, 25 between ex-smokers and current smokers and 45 between airway and parenchymal fibroblasts in COPD (p<0.01). Interestingly some of the microRNAs differentially expressed in COPD fibroblasts, i.e. mir-181d and mir-296-5p, are also differentially expressed in lung tissue in relation to emphysema severity (Christenson, S.A. et al. Am J Resp Crit Care Med 2010;181:A2024) . COPD and smoking had similar effects on several microRNAs, including mir-181d, mir-296-5p, mir-29b1*, mir-23* and mir-202, suggesting a possible mechanism for the link between smoking and COPD development. Furthermore, mir-155 expression was decreased in COPD and within COPD in airway fibroblasts. Given the role of mir-155 in airway remodeling (Rodriguez, A. et al. Science 2007; 316:608-11) this microRNA could be important in the airway changes in COPD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».