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Enregistrement W1538329585 · doi:10.1002/0471142905.hg0906s61

Analysis of Repetitive Regions in Myotonic Dystrophy Type 1 and 2

2009· article· en· W1538329585 sur OpenAlexaff
Nancy Carson

Notice bibliographique

RevueCurrent Protocols in Human Genetics · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern Ontario
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMyotonic dystrophyBiologyTrinucleotide repeat expansionMyotoniaSouthern blotGeneticsGeneMolecular biologyCataractsAllele

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Myotonic dystrophy is an autosomal dominant disorder characterized by myotonia, progressive muscle wasting, and cataracts. There are two forms identified: myotonic dystrophy type 1 (DM1), caused by an expansion of a CTG repeat in the 3' untranslated region of the myotonin-protein kinase (DMPK) gene on chromosome 19, and myotonic dystrophy type 2 (DM2), caused by an expansion of a CCTG repeat in intron 1 of the cellular nucleic acid-binding protein (CNBP) gene on chromosome 3. There is no single method that can identify all ranges of repeats in both disorders. Protocols in this unit describe the analysis of PCR-amplified CTG repeats from the DMPK gene and CCTG repeats from the CNBP gene, respectively, using a fluorescent-labeled primer followed by capillary electrophoresis. An additional protocol describes the analysis of genomic DNA by Southern blot and hybridization for DM1, while yet another describes a similar technique to analyze the repeat in DM2 using field-inversion gel electrophoresis. Both techniques identify 100% of cases of these two disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,096
Tête enseignante GPT0,398
Écart entre enseignants0,302 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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