METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE (MTHFR) MULTIPLEX – PCR METHOD
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Gene polymorphisms in human methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) have been linked to the disorders of folate metabolism, and may contribute to such disease as neural tube defect, coronary heart disease, venous thrombosis, and several types of cancers. Methodology We have modified our current real-time PCR method (Clin Biochem 2000;33:535-539.) for the detection of the MTHFR c.677C > T variant to a real-time multiplex-PCR method for detection of MTHFR c.1298A > C and c.677C > T variants on a LightCycler 1.2. Our multiplex method is partly based on that of Agarwal et al.(J Mol Diag 2007;9:345). Results The genotyping results of c.677C > T variant analyzed by both methods were in agreement. All samples analyzed for the c.1298A > C variant by the Multiplex-PCR method gave clear-cut results. The LightCycler multiplex method was validated with 14 specimens previously genotyped by restriction fragment length polymorphism at Montreal Children’s Hospital. All results were in agreement except for one sample that failed to amplify. There was no significant difference in Tm between the Multiplex-PCR procedure and the previously reported Tm’s for both variants. When run alone but not as a multiplex, the progress curve of the c.1298A > C variant exhibited the “hook effect”. Asymmetric amplification was found to reduce this effect. Conclusions The multiplex assay is reliable, economical, fast and simple method to perform as compared with RFLP technique. Asymmetric PCR is a helpful tool to minimize the hook effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».