IgE Sequences in Individuals Living in an Area of Endemic Parasitism Show Little Mutational Evidence of Antigen Selection
Notice bibliographique
Résumé
Patterns of somatic mutation in IgE genes from allergic individuals have been a focus of study for many years, but IgE sequences have never been reported from parasitized individuals. To study the role of antigen selection in the evolution of the anti-parasite response, we therefore generated 118 IgE sequences from donors living in Papua New Guinea (PNG), an area of endemic parasitism. For comparison, we also generated IgG1, IgG2, IgG3 and IgG4 sequences from these donors, as well as IgG1 sequences from Australian donors. IgE sequences had, on average, 23.0 mutations. PNG IgG sequences had average mutation levels that varied from 17.7 (IgG3) to 27.1 (IgG4). Mean mutation levels correlated significantly with the position of their genes in the constant region gene locus (IgG3 < IgG1 < IgG2 < IgG4). Interestingly, given the heavy, life-long antigen burden experienced by PNG villagers, average mutation levels in IgG sequences were little different to that seen in Australian IgG1 sequences (19.2). Patterns of mutation provide clear evidence of antigen selection in many IgG sequences. The percentage of IgG sequences that showed significant accumulations of replacement mutations in the complementarity determining regions ranged from 22% of IgG3 sequences to 39% of IgG2 sequences. By contrast, only 12% of IgE sequences had such evidence of antigen selection, and this was significantly less than in PNG IgG1, IgG2 and IgG4 subclass sequences (P < 0.01). The anti-parasite IgE response therefore has the reduced evidence of antigen selection that has previously been reported in studies of IgE sequences from allergic individuals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».