Gene Array Analysis of Sulfate-Reducing Bacteria Grown on an Iron Electrode under Conditions of Cathodic Protection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Sulfate-reducing bacteria (SRB) can contribute to microbially-influenced corrosion (MIC) of iron. Removal of hydrogen formed at the metal surface is often regarded as a critical step in the progression of MIC. Hence SRB-mediated iron corrosion and hydrogen oxidation may be comparable processes. Because the genome sequence of the model SRB Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH) is now known, this theory can be tested by genomics technologies. D. vulgaris has four periplasmic hydrogenases to oxidize molecular hydrogen, one iron-only (Hyd), two nickel-iron (Hyn1 and Hyn2) and one nickel-iron-selenium (Hys) hydrogenase. Total RNA was extracted from lactate-grown cells, from 5%- or 50%-hydrogen-grown cells and from cells grown under conditions of cathodic protection. The lactate-and hydrogen-grown cells were planktonic, whereas the cathodic-protection-grown cells were attached to the iron electrode. Genome-wide gene expression profiles were obtained by hybridizing labelled cDNA made from the extracted RNA preparations with microarrays containing a 70-mer oligonucleotide probe for each of the approximately 3000 genes from DvH. Hyd appeared most important for planktonic growth on lactate and 50% hydrogen, whereas Hys was most important for planktonic growth at 5% hydrogen. In contrast, Hyn1 was strongly upregulated in cells grown under cathodic protection conditions. The Hmc complex, which allows transmembrane electron transfer, was similarly upregulated under these conditions. Overall the gene expression profile of cathodic-protection-grown cells most closely resembled that of 5% hydrogen-grown cells and indicated an important role for Hyn1 hydrogenase in MIC by the SRB DvH. This was confirmed by determining MIC rates, which were lower for mutants lacking Hyn1, the Hmc complex, or Hyd, as compared to the wild type.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».