Persistent DNA Contamination in Competitive RT-PCR Using cRNA Internal Standards: Identity, Quantity, and Control
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Accurate quantification of mRNA by competitive RT-PCR demands that the quality of the cRNA internal standard be strictly controlled and that at least two criteria should be satisfied. First, genomic DNA should be removed from the total RNA being analyzed; second, template DNA should be removed from the cRNA internal standard following in vitro transcription. We observed that the routine use of RNase-free DNase I is insufficient for removing template DNA from cRNA samples and can degrade cRNA. Furthermore, reducing the template DNA before digestion, selectively extracting template DNA, and gel fractionation are all ineffective at completely eliminating template DNA contamination in cRNA standards. A strategy was developed ("inverted" competitive RT-PCR) to quantify template DNA contamination in cRNA standards. Regardless of treatment method, a small percentage of DNA contamination remained in the products of in vitro transcription. Without correction, the number of mRNA copies calculated from competitive RT-PCR is systematically overestimated. The number of template DNAs contaminating the cRNA samples was remarkably large, though as a percentage of the total cRNA, DNA contamination was small and could be easily corrected.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle