Persistent DNA Contamination in Competitive RT-PCR Using cRNA Internal Standards: Identity, Quantity, and Control
Notice bibliographique
Résumé
Accurate quantification of mRNA by competitive RT-PCR demands that the quality of the cRNA internal standard be strictly controlled and that at least two criteria should be satisfied. First, genomic DNA should be removed from the total RNA being analyzed; second, template DNA should be removed from the cRNA internal standard following in vitro transcription. We observed that the routine use of RNase-free DNase I is insufficient for removing template DNA from cRNA samples and can degrade cRNA. Furthermore, reducing the template DNA before digestion, selectively extracting template DNA, and gel fractionation are all ineffective at completely eliminating template DNA contamination in cRNA standards. A strategy was developed ("inverted" competitive RT-PCR) to quantify template DNA contamination in cRNA standards. Regardless of treatment method, a small percentage of DNA contamination remained in the products of in vitro transcription. Without correction, the number of mRNA copies calculated from competitive RT-PCR is systematically overestimated. The number of template DNAs contaminating the cRNA samples was remarkably large, though as a percentage of the total cRNA, DNA contamination was small and could be easily corrected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,004 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».