Evaluation of the Efficacy of Five DNA Extraction Methods for the Detection of Mycobacterium tuberculosis DNA in Direct and Processed Sputum by an In-House PCR Method
Notice bibliographique
Résumé
Aim: DNA extraction is an important step from clinical samples for molecular diagnosis of tuberculosis by PCR. The aim of this study was to evaluate the efficacy of five DNA extraction methods [boiling, single step proteinase K, GuSCN lysis and izopropanol precipitation (Heliosis, METİS Company, TURKEY), DNA precipitation (Epicentre Technologies), and solid phase absorption (QIAamp DNA mini kit, QIAGEN, Valancia,CA)] in searching Mycobacterium tuberculosis DNA in smear positive sputum samples. Materials and Methods: A total of 50 sputum samples were extracted directly and after digested with 4% NaOH-NALC methods using 5 DNA extraction methods. All DNA extracts were studied by an in-house PCR method. Results: The rate of the positive detection for 5 extraction methods was 22% with boiling method, 38% with single step proteinase K, 38% with guanidium isothiocyanate lysis and isopropanol precipitation method (Heliosis, METIS ), 42% with DNA precipitation (Epicentre Technologies), and 58% with solid phase absorption (QIAamp). Conclusions: When the rate of positive detection is taken into consideration in smear positive patients, solid phase absorption method seems to be more proper to use routinely for DNA isolation from clinical samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,025 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».